首先你这个问题应该发在 Cloudflare 节点，然后写得太乱了，我没看明白。
不过 Cloudflare 是与多个证书颁发机构进行合作的，Let’s Encrypt 也是其中之一。
所以你看到的，由 Let’s Encrypt 签发的证书可能是 Cloudflare 方面申请签发的。
如果你想指定证书颁发机构，则需要订阅高级证书。