我只能说下我的观点和个人使用习惯. 这两个词肯定有区别.
使用谢谢, 小时候是大人教, 之后就是参照英文 thank 的使用场景, 是个使用范围最广的一般性词汇. 大部分场景下, 仅是个礼貌用词, 内心是毫无波澜的.
使用辛苦, 则程度上比谢谢要高, @
nagisaushio 的描述已经很精确了. 因为包含了"对方为这件事付出了超出了他本职内的体力脑力或其他方面的成本"的意思, 所以"自己得更慎重地表达", 以及还有一些些"向对方表达我明了你付出的这份成本"的意思. 单说"辛苦"两个字时(其实更多听到和使用的是重复词"辛苦辛苦"), 不限于职场中下对上用法.
对于你的朋友, 如果他每次使用辛苦这个词都是在你帮了他之后, 那完全就和我的用法类似; 如果在更一般性的场景下也这么对你说, 那可能是直接用辛苦代替了谢谢, 原因可能和他生长环境中别人的使用方式有关. (纯属猜测) 无论如何他这么使用就社会平均水准而言不能归为异常, 也不应得到任何多余的揣测.
另外"麻烦了"这个词我觉得变化更多些, 事前事后都可能会用到, 但程度不一样.
这个讨论我个人觉得仅限于口头用语. 至于实物礼品那是另一个话题了.