生信论文复现结果相差很大

[UncleCAT4]

原文链接： https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18546

这些是我做的结果，不管是 RNA-seq 还是 DAP-seq ，差距都很大，原文材料与方法也说的不清楚，而原文使用的一些数据我使用时甚至结果都出不来.....

请问这样正常吗？

[naminokoe]

v2 上懂这个的不多吧，发信问通讯作者才是正道

[UncleCAT4]

@naminokoe 🤣行，我问问

[MrOange]

有没有一种可能，这数据不完全是真的，比如没加上某个重要的负面影响因子

[deecyn]

这不就是著名的国产学术垃圾吗 https://www.bilibili.com/video/BV1Ts4y1A7wm

[lekai63]

问通讯呗。不回复的话 也可能就是论文工厂的流水线产物

[GGBond2001]

这个就是很简单的 peak 在基因功能元件上的分布图和 TSS 富集热图, 从文章的材料与方法可以知道, DAP-seq 部分的分析是外包给上海翰宇生物科技有限公司进行的. 这种图一般都是公司通过标准流程分析出来的, 一般不至于造假. 不过文章中的那个 TSS 热图确实很奇怪, 如果 GFP 是对照组的话, 得出的结论应该是 OsPHR2 与 DNA 的结合被抑制了, 但文章的结论好像恰恰相反.

[GGBond2001]

@GGBond2001 这种分析一般都是交给实习生或者应届生做的, 不排除是他们第一次做这种分析把数据搞错了
(我对这些分析也不是很懂, 也有可能文章的图就是对的

[UncleCAT4]

@GGBond2001 🤔不知道是不是我自己的问题
@lekai63 已经发 email 了
@deecyn 中科院的，应该还行吧
@MrOange 有可能，生物上细微的不同就可能造成很大误差

[GGBond2001]

@UncleCAT4 可以去 Biostars 或者 Stack Overflow 问一下，那边获得有效回答的可能性比较大。另外，最好贴一下你用的哪些软件及其参数，处理数据的流程。

[UncleCAT4]

@GGBond2001 我去试试

[imzcg2]

不要把世界想的太美好还给她找借口，大胆的说：这就是假的，在什么资源也没有的空白房间里的论文高手生产的，出发点就很完美怎么看都完美就是不能验证