前面说 git 本身就是同步代码的，这是理解错了题主的用法。
坚果云是个人文件夹的云同步盘。而 git 是专业同步代码的。我们为了省事，直接用坚果云同步了所有的个人文件（几乎作为一个 home 目录来用），代码显然属于个人文件的一类。我们不是专门拿坚果云去同步代码。
两者的使用方式也有区别。坚果云运行在后台是毫无存在感的，不知不觉你在公司写了一半进度的文档，你回家打开同步盘继续写，好像没换电脑一样。而 git 是专门同步代码的，需要手动操作，还可以加版本、注释等信息。
之前在坚果云内部使用 git 一直是没有问题的，坚果云对于用户来说是“隐形”的。直到最近三周才出现了这个问题。